大菩薩嶺，位於甲斐國山梨郡，歷來是朝聖者心中的祈福之地，據傳平安朝大將源義光途經此處，望見遠處一白旗上隱現八龍，驚呼“八幡大菩薩”，因此得名。彼時日本神佛習合，八幡神亦是武者的守護神。

身為劍館少主的龍之助看似瘋狂，卻是至純之人，理想主義——劍道至上者。與人對決不留情面是一個武者的自覺。“小島，你的擊胴招式不錯”，即便投靠新選組，執行暗殺任務也如同與他人試合。大菩薩嶺佛像前斬殺朝拜老者，是武士試劍，也是完成老者心願，以刀度人。這一例證性動作標志其超越善惡、道德，神明般的存在。這點像《地獄變》裡的良秀，為作畫而欣然看著女兒被燒死，面露法悅，莊嚴如神。電影開篇即點明所謂善惡正邪本身具有模糊性和辯證性。此外，片中的七兵衛並非善男信女，偷盜搶劫壞事做盡，卻以此供養繼女阿松，以惡行善，究其根本，到底是善是惡，誰能說清。

龍之助唯一一次屈從於現實（傢訓和肉欲），就是那次比武，雖心有不甘，卻還是尊崇父命，信守諾言放棄爭勝。然而，對手違規使用禁招在先，自己憑借劍士的本能反應殺死對手，這並不能說是惡。隨後堅稱自己是勝利者，也出自一個武者的尊嚴。卻遭到放逐。從此，他隻相信自己手中的劍。

阿濱以已之身換取未婚夫獲勝，在道德上同樣具有模糊性。為達心中至善——保護傢族榮譽，拋棄世俗規范，可謂以失德成就美德。如果說龍之助斬殺朝拜老者是完成其心願，為其解脫。那麼他奪取阿濱的貞潔，就是完成她保護丈夫的夙願，成就她舍身成仁式的美德。阿濱求仁得仁，卻遭遇丈夫一直紙休書，隻得和龍之助浪跡天涯。至此，她的理想徹底破滅，餘生充滿悔恨與嗔怨。“貞潔如同武士之劍”，龍之助一時背棄武士理想，屈從現實。阿濱一時違背現實規范，隻為達成理想。恰成對照。

出手向來六親不認的龍之助，似乎比恪守劍術正統的父親更珍惜親情。龍之助和著窗外笛聲，唱起傢鄉小調，決心冒著被仇傢清算的風險，回傢鄉看望病榻中的父親。可就在此刻，他的父親，卻向外人授意如何殺掉自己兒子。聽聞此事，龍之助心如死灰，越發握緊手中的劍，繼續其邪道之路。跳脫出來，從歷史范疇上看，這種枉顧人類基本倫理，以弘法衛道為名的“大義滅親”，似乎更接近於邪道。

所謂正派不是真的正，邪派也非真的邪，眾門派齊聚的武道場試合，本應公平公正，卻充滿內幕、人情與潛規則，賽後甲源流以多欺少報復龍之助，也不是正人君子所為。龍之助的所謂邪道，正是他不近人情禮教，一心求道，不願用一個武者的尊嚴，來維系正派的利益鏈條。惡人也並非真的惡，而評判惡的人，往往很偽善。龍之助面對甲源流眾宵小的伏擊奮起殺之，正如同他的“無聲劍法”，放低姿態，以退為進，退無可退，果斷反擊，完全稱不上惡。而作為一派宗師的虎之助初見無門無派的龍之助的“邪派”劍法，以“不擅擊胴” 為由拒絕對陣，看似謙遜，實則有怯戰嫌疑。風雪夜斬殺對方10餘口人眼都不眨，卻一派凜凜正氣，斥責龍之助為邪惡。

“劍是殺人之器，劍術是殺人之術”，活人劍也是劍，持劍者秉持各自的正義，彼此視為異端。芹澤鴨、近藤勇、奇兵隊、新選組、尊攘派、佐幕派，莫不如是。“遊戲越愚蠢就越有趣”，精英們黨同伐異，引得內裡中空的庸眾自相殘殺，如竹子般層層剝落，脫穎而出者得以節節高升。而武士階層最終會如重木一般沉落谷底。這些都被“騎墻派”旗本神尾精準預言。對毫無思想包袱的販夫走卒也是如此，時代更迭，持火槍的小偷七兵衛等輩或許也能成為新一輪的強者。

所謂正派既是成瞭事的邪道，亦如宮本武藏和他的二天一流；柳生宗矩醉心於政治，在他爹——劍豪石舟齋的眼裡或許就是邪道。可到頭來，隻有世俗意義上的強者勝利者才能壟斷對正邪善惡的解釋權。虎之助雪夜擊殺行刺小隊，靠心理戰震懾龍之助。勝負已分，虎之助以居高臨下的姿態行道德訓誡，一句“邪惡靈魂使邪惡之劍”如同判決，顯得不容辯駁，這徹底擾亂瞭龍之助的心神，導致他殺死阿濱後，產生對“一報還一報，償還罪孽”的恐懼。放棄與兵馬的決鬥。而在之前的他，心中隻有劍，對父親教化、妻子規勸乃至一切世俗評判完全無視。

龍之助與阿松相逢於木津屋，峽谷中山風吹動嫩綠的新葉，無盡的山脈連接天邊浮雲，地藏菩薩像下跪拜的老人與他的孫女……一切因緣聚合於大菩薩嶺。刀光竹影，心魔泛起，風聲、鈴音、慘叫、嬰啼，妻子的詛咒、虎之助的威嚇漸次敲擊耳鼓，老者、小島、阿濱、父親，乃至甲源流眾亡魂一一浮現，近藤的殺手正好殺到，現實與心象聚合一處，剩下的隻有無盡的殺戮。

結尾定格於滿身血污的龍之助圓睜雙目，舉劍劈砍的動作。形成開放式結局，本片也可做表裡兩面解讀，一者龍之助弒殺成性，墮入魔道，業因果報，天理循環。二者龍之助斬盡雜念，逢佛殺佛，逢祖殺祖，此時心下一片澄明，始得透脫自在。全片展現一個純粹理想主義者的修行之路，一個拋卻現實與欲望紛擾，親情羈絆，破除俗世是非評斷，回歸本真，終得覺悟的故事。