差異分析–edgeR包

百夫长攻城机甲 2024-04-09 13:48 16次浏览 0 条评论 taohigo.com

簡介

edgeR包也是用於做差異分析的包,也算是比較常用的方法。對於我自己來做分析,edgeR包主要是用來做沒有重復的數據差異分析。如果你的數據沒有重復,那麼建議使用edgeR包來做差異,但是在實驗設計是沒有設置重復,那麼你得想清楚哦!(僅個人觀點)

edgeR給出的描述如下下,你可以詳細閱讀edgeR幫助文檔。

1 數據準備

我們使用前面DESeq2差異分析中的數據(註:我們有重復),我們的數據僅是練習數據,沒有任何參考價值。

Control_01 Control_02 Control_03 Treat_01 Treat_02 Treat_03
gene01 11 11 11 10 11 10
gene02 14 14 14 13 14 13
gene03 14 14 14 13 14 13
gene04 7 7 7 6 7 6
gene05 11 11 11 11 11 10
gene06 14 14 14 13 14 12