想免費學生信?25個自學網站,任你選!
1.Biostar
網址: https://www.biostars.org/
特點性質:一個問答性質的全英文網站,專註於生物信息類的問答,幾乎所遇到的技術問題,都能在該網站找到答案。支持關鍵字搜索,遇到問題先搜索答案。論壇也會精選出一些優質內容匯總。一些軟件的作者、生信界的大咖也會在該網站潛水。
註:github,STHDA,imageDPhttp://www.ehbio.com/ImageGP/index.php/Home/Index/加拿大生信開源學習資源http://Bioinformatics.ca;
2. STDHA
網址:http://www.sthda.com/
特點性質:這個網站是一個生物信息學的博士建立的網站, 寫瞭很多關於multivariate data analysis, survival analysis和 data visualization的包,主要是為瞭數據科學的培訓做的這個網站,裡面有大量的使用R語言進行數據分析的教程,主要包括基本的R繪圖,高級繪圖,數據處理,教程深度和廣度都是非常令人稱贊,而且一直都在更新,是很多漂亮的R的發源地。
3. Stack Overflow
網址: https://stackoverflow.com/
特點性質:編程作為生物信息工作人員必不可少的技能之一,那麼你肯定會遇到康熙的兒子胤祀,那麼這個網站就是你最好的找尋答案的地方,這是世界上最大的,最值得信賴的編程問題解決方案的最可能出現的地方,並且裡面的答案都會投票,投票越高的解釋的越清楚,方法越可信,所以,沒事經常看看,可以減少你寫出八阿哥的可能性.
4. github
網站: https://github.com/
特點性質:github目前是微軟的,是世界上目前托管代碼最多的網站,上面有無數優秀的開源項目,生物信息目前用的如那件絕大部分都可以從上面看到源碼,並且作者都上傳瞭源碼,可以在上面提出自己的issue,然後等到作者的回答,是一個快速和同行業的人交流的非常好的地方,並且可以設置個人私人代碼庫,不用擔心代碼丟死,也可以進行版本管理
5. 加拿大生信開源學習資源
網址: https://bioinformatics.ca/
特點性質:作為一個開源的生信資源網站,它介紹瞭許多關於生信數據處理的內容,包括腫瘤基因組學,R語言的使用,測序數據分析,代謝組學,醫學生物信息學,表觀遺傳數據分析,通路分析內容和傳染病的基因流行病學的內容,視頻講解內容非常全面。
6. bilibili
網站地址: https://www.bilibili.com/
特點性質:嗶哩嗶哩是中國最受大傢歡迎的學習網站之一,上面有海量的生物信息學資源,也有很多大學的生物,數學,統計,編程課程,平時刷刷這裡的視頻幫助還是非常大的,下面介紹幾個比較好的資源
生物統計學-南京農業大學 https://www.bilibili.com/video/BV12b411m76t?p=71
山東大學-生物信息學 https://www.bilibili.com/video/BV1zW411L79R
清華大學生物信息學公開課 https://www.bilibili.com/video/BV1jb411b7Br
北京大學生物信息學:學習方法 https://www.bilibili.com/video/BV13t411G7oh?p=19
生信技能樹-Jimmy:生信技能樹-jimmy的個人空間_嗶哩嗶哩_Bilibili
7. SEQanswers
網址: http://seqanswers.com/forums/
特點性質:SEQanswers是專門的關於二代測序的生物信息討論和存放資源的論壇,樣式有點和國內的小木蟲類似,單獨做瞭一個導航欄來顯示每天的問答,整體來說質量還是蠻好的,一些測序的問題經常可以在上面找到答案,但是問題量比不上bistar,問題的回答質量也不如stackoverflow.
8. StatQuest
網址:
https://space.bilibili.com/257347536?from=search&seid=13661736885600696159
特點性質:提供生信統計學學習的視頻,B站有中文字幕版和相關代碼。使用大量的可視化例子介紹統計學的基本原理,概念,幫助生信菜鳥快速進階,掌握生信所涉及的統計學元素,並且學習起來很有趣。英文原聲也能練習英語聽力
9. omictools
網址: https://omictools.com/
特點性質: Omictools是一個生物軟件的集合網站,並按軟件功能和熱度對軟件進行整理和排序。點擊需要的軟件鏈接,頁面中會給出軟件詳細的介紹,包括官網地址,下載鏈接,論壇,文檔,用戶討論。也有按照流程分類的各個軟件排列,是學習生物軟件的好幫手。
缺點:omictools網絡環境不好,國內訪問比較慢。
10. 慕課網
網址: https://www.mooc.cn
特點性質:慕課網(IMOOC)是學習編程最簡單的免費平臺。慕課網提供瞭豐富的移動端開發、php開發、web前端、html5教程以及css3視頻教程等課程資源。它富有交互性及趣味。生物信息也有編程的部分,這個網站也有很多的這方面的資料,網址就是https://www.mooc.cn/?s=%E7%94%9F%E7%89%A9%E4%BF%A1%E6%81%AF&cat=5。包括北大清華復旦交大都在上面提供很多優秀的生物信息課程,我們如果對爬蟲感興趣,上面也有蠻好的爬蟲課程
11. Data Science
網址: https://towardsdatascience.com/data-science/home
特點性質:這個一個非常出名的數據科學的網站,包括機器學習,編程,可視化,人工智能等等幾大模塊,內容的質量很高,不過都是英文的,需要一定的英文抗擊打能力。而且每個都有可重復的簡單例子,方便你快速理解,學會使用,掌握一個個小技巧
12. 簡書
網址: https://www.jianshu.com
特點性質:簡書是一個個人blog網站,上面有很多生信的同好寫的心得,很多初學者遇到的問題檢索一下都有答案,包括代碼,解決問題的過程,自學的思路,關鍵是全中文的,適合初學者自學和檢索。缺點是要從搜索框進去,不要從首頁進去,畢竟不是專業的生信網站。有問題可以在簡書上發簡信寫作者,有時候也會得到回復的。
13. awesome-R
網址: https://github.com/qinwf/awesome-R
特點性質:R語言作為生物信息工作人員的一個必不可少的利器,必須瞭解一些常用的優秀的包。這是一個收集瞭一些非常優秀的R包的網站,包括R語言應用的各個方面。Integrated Development Environments,Syntax,DataManipulation,Graphic Displays,HtmlWidgets,Reproducible Research,WebTechnologies and Services,Parallel Computing,HighPerformance,Language API,DatabaseManagement,Machine Learning,NaturalLanguage Processing,Bayesian,Optimization,Finance,Bioinformaticsand Biostatistics,Network Analysis,Spatial,RDevelopment,Logging,隻要認真學習這裡面每個類別的最優秀的包,就可以成為一個R高手
14. Omicsclass
網址: http://www.omicsclass.com
特點性質:Omicsclass知識問答社區是一個側重於基因組學、轉錄組學、蛋白質組學等數據解讀、數據挖掘的綜合性知識數據庫,裡面匯集瞭海量測序及數據解讀相關問題及答案,有疑惑在網站搜索相關關鍵詞即可找到答案。
15. awesome-python
網站: https://github.com/vinta/awesome-python
特點性質:python作為當前最炙手可熱的語言之一,也是生物信息工作人員的一個必須學會的語言,無論是數據分析,繪圖,搭建流程和平臺都是非常有用的。這是一個收集瞭一些非常優秀的python包的網站,包括python語言應用的各個方面。
Admin Panels,Algorithms and Design Patterns,ASGIServers,Asynchronous Programming,Audio,Authentication,BuildTools,Built-in Classes Enhancement,Caching,ChatOpsTools,CMS,CodeAnalysis,Command-line Interface Development,WebCrawling,Web Frameworks,WebSocket,WSGIServers等等,隻要認真學習這裡面每個類別的最優秀的包,就可以成為一個python高手,那時候你就不隻是一個生物信息工程師瞭,你是一個python的IT工程師瞭。
16. MIT生物信息Data Analysis for the Life Sciences
網址: http://genomicsclass.github.io/book/
特點性質:是一個系列課程,從淺到深,並且分類明確,包括統計學基本知識,尤其是我們常用的線性模型,特征值降緯,機器學習,批次效應,基因註釋,假設檢驗,基因組數據可視化,多組學數據分析,文章結果重復等,反正十分好的課程,值得深度學習
17. 加州大學歐文分校機器學習數據集
網址: http://archive.ics.uci.edu/ml/index.php
特點性質:目前有497個數據集,包括我們組熟悉的iris數據集等等,分局多個維度分類好,如分析類型、數據類型、研究領域等,點擊某個分類鏈接可以看到數據集相關內容,包括數據介紹和FTP下載目錄,在r裡面直接利用read.table函數讀取,下載後的數據就可以測試自己的算法。
18. 知乎欄目
特點性質:知乎作為一個公共平臺,它的專欄有點類似微信的公眾號,所以當有問題的時候,百度後面加上 XXX(問題)知乎,就會跳轉到知乎的答案頁面或者知乎專欄,經常會有作者在上面分享一些經驗,比如生信寶典專欄(https://zhuanlan.zhihu.com/sxbd-ehbio)他會介紹瞭生信入門的方法,單細胞轉錄組,文獻講解,Conda,R,pip,brew軟件安裝等,還會有一些下載資源鏈接。
19. 吳恩達機器學習
網址: https://www.acfun.cn/v/ac4700373_17
特點性質:斯坦福大學吳恩達教授在coursera平臺開設的一門課程,通俗易懂地介紹機器學習原理,一些常用算法,應用場景,同時佈置課後練習,有考試。完成課程後可以獲得一份證書。後被中國海洋大學黃海廣博士翻譯提供字幕,並制作學習筆記,從而在國內機器學習圈子火瞭起來。網易雲課堂可免費學習,非常推薦新手學習,後續吳恩達教授也推出瞭神經網絡等更高階算法的學習課程。
20. Rosalinad
網址: http://rosalind.info/problems/locations/
特點性質:Rosalind網站提供一些有趣的問題,讓我們練習我們解決生物信息問題的能力。沉迷生信的小夥伴可以試試。每道題目會描述一個需要解決的問題,然後給出指定的輸入。我們需要做的,就是根據題目表述進行編程,然後用程序計算給定的輸入數據集,得出答案。網站上還有全世界各個地方的人,大傢可以就某個問題進行討論和交流,相互學習。
21. Bioconductor for Genomic Data Science
網址: https://www.coursera.org/learn/bioconductor
特點性質: 美國約翰霍普金斯大學的使用Bioconductor分析基因組科學數據課程,由Kasper Daniel Hansen, PhD授課,將會學到數據結構,基因組數據特點,解析,在R的bioconductor的世界中,你將會使用R完全學會分析生物的組學數據,發現bioconductor的美好和R的魅力。實現代碼得到數據,可視化數據。
22. 中文R語言網頁課程
網址: https://www.w3cschool.cn/r/r_overview.html特點性質:適合看不懂英文的R語言學習者入門學習:
23. 英文R語言極簡教程
網址: http://www.r-tutor.com/r-introduction
24. plob
網址: https://www.plob.org/
特點性質:是目前國內做好的生物信息教程網站之一,裡面的內容包羅萬象,完全免費,包括各種生物信息軟件,r包,Python庫的使用,教程有簡單的有難的,並且經常更新,而且可以發表自己的品論,與作者交流
25. 生信坑
網址: https://www.bioinfo.info/
特點性質:這是一個中文的網站,類似於中國的biostar.有北京大學的孟浩偉大神在裡面活躍,裡面同樣也是包括我們平時可能遇到的各種生物信息的bug,包括軟件環境不對,包運行不瞭,網址打不開,某個參數的加不加的影響,以及某些分析的原理,反正你就中文隨便說,大傢都理解,不擔心英文說不清楚,別人誤解。
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